Ya le perdí el rastro a casi todo de Pathfinder, pero te comento que cambió muchísimo respecto a 3.5.
En D&D se mantenían las características mentales del PJ (Int, Sab, Car) y se adoptaban las características físicas del animal (Fue, Des, Con). Con esas nuevas características se hacían cambios por los bonificadores y demás.
En Pathfinder se mantienen todas las puntuaciones del PJ y se añaden esos bonificadores que comentas. Según el nivel del conjuro (forma animal, cuerpo elemental y esas cosas) se aplican bonificadores mejores o peores. Luego se consiguen los ataques especiales y lo que se indique en el conjuro.
Sí, para mi gusto empeoró en algunas cosas. Supongo que así es más equilibrado y evitas que, por aparecer un bicho raro en algún manual de monstruos nuevos, el conjuro se descompense.