1. Los conjuros son los que lanzan magos, hechiceros, clérigos y demás. Se sacan de la lista, se preparan (o en el caso de los hechiceros se añaden a una lista de conjuros diarios) y luego se lanzan. La aptitud sortílega imita el funcionamiento de un conjuro, normalmente lo hace gente que no lanza otro tipo de conjuros.
2.Depente mucho de lo que estemos hablando. En D&D funciona de una manera, en Pathfinder de otra bastante diferente. En D&D se reemplaza la armadura normal por lo que sea que tiene el animal en el que te transformas. La armadura y otros objetos suelen desaparecer, absorbidos por la nueva forma. Unos dejan de funcionar, otros no. Concreta más la pregunta y te aclaro lo que sea.
3.Para detectar una persona invisible... bueno, supongo que todo depende de la situación. Está claro que no la vas a ver de ninguna manera, a menos que uses conjuros. Al volverse invisible, pero no inaudible, deberá hacer sus tiradas de moverse sigilosamente si es que está por el medio. Igual pisa alguna ramita o lo que sea. Los PJs pueden detectar que ahí hay algo, pero luego también depende de cómo se quieran enfrentar a ese algo. Por ejemplo, con una bola de fuego no necesitan una ubicación demasiado precisa de dónde está.