Yo estoy a punto de meterme en el fregado de una partida con niveles altos y la verdad es que tengo mis dudas, pero tampoco preveo problemas tremebundos.
Lo mas importante es que como DM uno tiene un poder casi absoluto sobre la campaña. No hace falta quitarles los objetos a los jugadores si no se los llegas a dar, y no podrán fabricarlos en mitad del campo usando una piedra como yunque, ni tampoco comprarlos si están en una zona de guerra, en plena expedición en la infraoscuridad o intentando rescatar a un compañero del treceavo nivel del abismo. No se trata de prohibir, se trata de encauzar la campaña hacia donde uno quiere que vaya.
En cuanto a las categorías prestigio y las dotes, creo que la tarea de un buen DM es restringir al comienzo de la campaña aquellas que considere descompensadas. Personalmente yo nunca dejo utilizar los manuales complete de la 3.5 precisamente por eso, y si los jugadores planean tomar una categoría prestigio, siempre les pido que me lo consulten desde el principio y lo justifiquen mediante historial. Un personaje debe ser algo mas que un prota de videojuego. Tiene que tener mas profundidad si se le va a usar para una campaña larga.
Como los jugadores nunca hacen nada por nada (o al menos no demasiados, que nadie se ofenda, que ademas yo me incluyo), aquellos que tienen una forma de jugar mas acorde a lo que el DM estima correcto deberían ser recompensados. En nivel uno yo siempre le regalo una dote a los jugadores que se curran el historial, y suele ser algo mas chula si además se hacen un dibujo. Además un personaje con un buen historial es un gancho dramático cojonudo para explotarlo en el futuro dentro de la trama de la campaña. Posteriormente el conseguir objetivos personales relacionados con su historial puede verse recompensado con PX, dotes o rangos en habilidades. A mi es algo que me esta funcionando muy bien.
En general, creo que los jugadores quieren divertirse, y suelen desmandarse y ponerse cabrones cuando tienen la sensación de que el master les putea. Si las cosas tienen una justificación dramática mas allá de que al DM le sale de los cojones, los jugadores suelen comportarse.
En cuanto a los monstruos... tengo que por propia experiencia que diez orcos con cuatro niveles de bárbaro son mucho mas cabrones que un jarl gigante de la escarcha precisamente por lo que decía Fosfo al principio: los jugadores no se doparan a tope para pegarse con esos orcos, no usaran sus conjuros mas bestias, no tomarán demasiadas precauciones. Pero esos orcos tendrán un ataque de +12 y causarán 1D12+12 de daño. No hay mas que cogerse una aventura oficial para darse cuenta de que los diseñadores de D&D hacen cosas parecidas continuamente. Además, los lideres malosos de niveles altos deben tener escoltas acordes que obliguen a los jugadores a plantearse estrategias diferentes del sajarraja. Y si no, morirán. Pero no porque el DM se cabrease, sino porque los personajes fueron algo alocados... o idiotas.